Během osmi set let, po které v údolí potoka Salašky stojí velehradský klášter, došlo k mnoha dramatickým dějinným zvratům i pozvolným proměnám, které se podepsaly na stávající podobě komplexu klášterních budov. V důsledku válečných událostí, živelných pohrom i změn hydrologických poměrů a z toho vyplývající stavební činnosti došlo ke zvýšení terénu v průměru o dva metry. Tak se ocitly pod zemí části původního románského kláštera.
K objevení a prozkoumání velehradského podzemí došlo ve 30. letech 20. století. Jezuité se rozhodli čelit problému stoupající vlhkosti v bazilice a přilehlém klášteře tím, že jednotlivé krypty nacházející se pod všemi bočními kaplemi a presbytářem vzájemně propojili. Dále odtěžili zeminu pod stávající podlahou klášterní kvadratury a kapitulní síně. Tak vznikl systém chodeb, který umožňuje prezentaci pozůstatků zdiva středověkého kláštera. Podél zdí rozmístili nálezy fragmentů románské architektury (např. bohatě zdobené hlavice, klenební žebra a pod.) a v této souvislosti nazvali vytvořenou expozici "lapidárium".
K dalšímu rozšíření sbírky došlo v souvislosti se zabezpečovacími stavebními pracemi v rajském dvoře během II. světové války. V roce 1947 byla pod vedením prof. Václava Richtera provedena první katalogizace sbírkových předmětů a v témže roce bylo přistoupeno k částečné reinstalaci fragmentů. Po zrušení jezuitské koleje na Velehradě v roce 1950 byla správa vykopávek převedena na Krajský národní výbor v Gotwaldově (Zlín) a následně na farní úřad na Velehradě. Na počátku 60. let byla správa sbírky svěřena Slováckému muzeu v Uherském Hradišti. V jeho režii provedl novou důkladnou katalogizaci PhDr. Miloslav Pojsl. Dále došlo v letech 1982 - 1986 k rozsáhlé rekonstrukci velehradského podzemí a reinstalaci sbírkových předmětů. Libreto a scénář nové expozice vytvořil PhDr. Miloslav Pojsl. Zde citujeme dobové hodnocení této kolekce: „Velehradské lapidárium je v současné době asi jediným lapidáriem na území České republiky, které je v plném rozsahu zpřístupněné veřejnosti a odborně zpracované (katalogizace: muzejní evidence 2. stupně). Počtem kamenných artefaktů se jedná o nejrozsáhlejší sbírku z určitého slohového období na jedné lokalitě.“ (Pojsl, M.: Velehrad - stavební památky bývalého cisterciáckého kláštera).